遇到商標被侵權了工商部門處罰是行政處罰，酒廠在法院起訴是民事行為，兩者互不影響。銷售假酒的行為被工商部門行政處罰后，被侵權廠家可以依據《商標法》的有關規(guī)定對售假者進行起訴。《商標法》第六十條規(guī)定，有本法第五十七條所列侵犯注冊商標專用權行為之一，引起糾紛的，由當事人協(xié)商解決；不愿協(xié)商或者協(xié)商不成的，商標注冊人或者利害關系人可以向人民法院起訴，也可以請求工商行政管理部門處理。

酒廠起訴他人賣假酒的侵權賠付標準如下：如果能確定酒廠的實際損失的，按酒廠的實際損失賠償；不能確定的，按侵權所獲得的利益賠償；或者最后按照酒廠許可他人使用酒廠商標的使用費的倍數合理確定。【法律依據】《中華人民共和國商標法》第六十三條侵犯商標專用權的賠償數額，按照權利人因被侵權所受到的實際損失確定；實際損失難以確定的，可以按照侵權人因侵權所獲得的利益確定；權利人的損失或者侵權人獲得的利益難以確定的，參照該商標許可使用費的倍數合理確定。對惡意侵犯商標專用權，情節(jié)嚴重的，可以在按照上述方法確定數額的一倍以上五倍以下確定賠償數額。賠償數額應當包括權利人為制止侵權行為所支付的合理開支。